医学系前身为西医教学部，2021年正式设立医学系，是山东中医药高等专科学校重点建设系部之一。下设办公室、九个教研室、三个实验实训中心、一个生命科学馆、一个医学中心实验室。目前设有口腔医学、医学检验技术、医学影像技术、公共卫生管理、预防医学等5个专业。

医学系拥有一支基础理论深厚、教学经验丰富、师德高尚、学术水平高的专业师资队伍。现有专任教师60人，其中高级职称23人，博士研究生4人，双师型教师占比96.6%。建有《正常人体结构》1门省级精品课程，《人体解剖学》、《免疫学与病原微生物》、《诊断学基础》、《健康评估》等4门校级精品课程。拥有正常人体结构教学团队、诊断学基础教学团队等2个校级教学团队。承担省级教改课题1项、市厅级教改项目6项；承担国家级教学资源库子项目4项，市厅级质量工程7项；主持厅局级科研课题20余项；发表学术论文100余篇，其中在SCI及核心期刊上发表15篇。主编、副主编及参编教材65部，其中全国普通高等教育“十一、五”规划教材2部。

校内实验实训环境设有三个教学实训实验（实践）中心（包括30余个实验实训室），一个医学中心实验室（包括生化测定实验室、分子生物学实验室、免疫组化实验室、细胞培养室、在体动物实验室、动物观察室、动物解剖室、病理技术室等8个主要实验室），一个人体生命科学馆（陈列系统标本、塑化标本、铸型标本、断层标本1004件套），其中的“十四经脉电动塑化标本”体现中医药特色，为我校所独有。总面积7000余平方米；总资产1500万元；拥有德国原装麻醉机、心肺听诊与腹部触诊仿真电子标准化病人综合教学系统、网络版交互式急救医学模拟系统、全能呼吸机、美国美敦力菲康除颤起搏监测仪、荧光显微镜、全自动生化分析仪、酶免分析系统、多功能酶标仪、显微图像分析互动系统等先进或大型仪器设备，充分满足了教学的需要。